學科課程
國語文
語文的目的是溝通，而溝通是傾訴，亦是傾聽。 原來學苑的國語文課程，從覺性出發： 向文哲經典請教生命的智慧； 由詩文故事啟發美感的經驗； 以語言文字引導交流的修養。 陪伴孩子以真誠的感知，自由的創意，在國語文世界悠遊成長。
學科課程
英文
英文是世界共通的語言，學生透過學習英文，了解另一個不同的文化，同時也打開了認識世界的一扇窗。然而孩子學美語，面臨最大的關卡是「咬字發音」「語調」，最困擾的是「背單字」「學文法」，我們引入「雙母語」學習系統，首先培養孩子擁有自信說美語三大利器
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1.「美語化」口腔肌肉
2. 腦海中建立美語聲音地圖
3. 具備準確的咬字發音能力
再者，獨創「語調」訓練，強化美語「語感」，並以「聲音學文法」來踏實建構「聽說、讀寫、背誦、拼寫、默寫、演講、翻譯、寫作文創」等能力。
執行上採混齡分級制，學生是依程度分。在課程中，鼓勵激發學生自己學習的意願，並善用科技工具與學習材料。
學科課程
數學
原來學苑的數學尊重學生個別的學習進度，可以超前也可以落後，課堂是混齡編組，學生之間也會互相指導。在數學教學上會採取實物操作、電腦程式…等方式，讓學生從具象到抽象並與生活連結，平日學苑也有各種解題活動，與樸克牌、棋類、桌遊…等思考遊戲讓學生享受思考的快樂。
學科課程
社會領域
個人不能離群而索居，教育是協助個人發展潛能、實現自我、適應環境並進而改善環境的一種社會化歷程。在覺性教育中，歷史能讓我們以古鑑今，從了解人是如何面對問題，解決各種環境、與人互動的經驗，反思個人的生活經驗。地理則是幫助我們了解環境，並且知道人是如何利用環境。心理學則是學苑國中部特有的課程，除了靜心、呼吸外，心理學的知識能幫助國中生更認識自己，了解自己的情緒與生理變化，並從各門各派如何詮釋各種心理現象，找到自己的定位。
學苑在社會領域的課程設計上，是先大再小，從世界文化的差異，到台灣本土的認識，最後則是系統性的認識方法的介紹與演練。除了上課外，也注意時事的探討，每年並安排台灣的走讀，透過行腳，更認識土地上發生的事件，也學會未來到陌生的地方，如何做深入理解的一套方法。
學科課程
自然與科學領域
自然領域課程，學苑分三級，一至三年級的實驗課，四到六年級的自然課，七到九年級則分為物理、化學、生物與地科，一季一個主題，每年循環。另外學苑還有科技與創造課程，讓學生藉由動手做，在主題式的課程中，去撰寫程式，組裝電路，製作成品，學習如何使用科技來創造東西與解決問題。
